個人的なメモ。でも一般的にはこれだけやっておけば十分だと思う。
1.apt-cygを入れる
wgetが入ってなかったら、インストーラで一緒にwgetを入れておく。
wget https://raw.githubusercontent.com/transcode-open/apt-cyg/master/apt-cyg
chmod 755 apt-cyg
mv apt-cyg /usr/local/bin/
2.パッケージ群のインストール
apt-cyg install \
#SSH \
openssh\
#開発系 \
make gcc-core gcc-fortran python perl git emacs \
#グラフィック系
gnuplot ImageMagick \
#後述のcocotのインストールに必要 \
libiconv liveconv-devel inetutils
#その他もろもろ\
chere dos2unix\
LaTeX系のパッケージは上記に十分含まれており、むやみに入れると依存関係のせいか二進も三進も行かない事態（platex.fmtが見つけられないなど）に陥るので注意。
あと好きなエディタ（vimなど）なども足しておけばいいかも。当然後からでも実行可能。
3.cocotのインストール
pingやipconfigの文字化け対策に必要。
git clone http://github.com/vmi/cocot
cd cocot
./configure && make && make install
4.aliasの設定
デフォルトではlsが色分けされてなかったり、pingやipconfigなどdosのコマンドが文字化けするので、エイリアスを設定しておく。
~/.bashrcに以下を追記し、実行もしておく。.bashrcに書いておくことで次回起動時も自動で設定される。
alias ls="ls --color=auto"
alias ping="cocot ping"
alias ipconfig="cocot ipconfig"
5.windowsのドキュメントにリンクを張る
必須ではないが便利。作業はcygwinの外で行ったほうが、cygwinに問題が生じて再インストールするときに便利。
ln -s /cygdrive/c/$UsersDocuments
$UsersDocumentsにはCドライブ以下のパスを。他の場所でやるならそこにリンクを張りましょう。windowsでのA,B,C,...ドライブはcygwin上では/cygdrive/aのように扱われます。
参考：
